雍正对奏折的批谕，具有很强的针对性，往往因人而异，有的事相近，而批语却大不一样。有些事有特别的机密性，雍正通过朱批谕旨下达命令，这可以说是奏折的又一项内容。查嗣庭案发，雍正在李卫奏折上批示，要杭州将军鄂弥达委派副都统傅森、李卫选派可信属官一同星速驰去抄查嗣庭的家。这是亟待执行的绝密命令，其不走颁布正式公文的渠道，为的是避免被查抄人获知消息，先行准备，破坏抄检，这样，通过奏折途径保证秘密不致泄露。
奏折内容，包罗广泛，既然涉及政策的制定和执行，涉及官员的取舍，不要说那些绝密事件的贯彻，就是这些政治事务，也决定了它的保密性。雍正一再以此要求具折人，在命鄂昌书写奏折的朱批上说“密之一字，最为紧要，不可令一人知之，即汝叔鄂尔泰亦不必令知。假若借此擅作威福，挟制上司，凌人舞弊，少存私意于其间，岂但非荣事，反为取祸之捷径也”。对禅济布的奏折，雍正在保密问题说的更为透彻， “至于密折奏闻之事，在朕斟酌，偶一宣露则可，在尔既非露章，惟以审密不泄为要，否则大不利于尔，而亦无益于国事也。其凛遵毋忽”。又向李秉忠说， “地方上事件，从未见尔陈奏一次，此后亦当留心访询；但须慎密，毋借此作威福于人，若不能密，不如不奏也”。不能保密，就不要上奏折，看来，保密是具奏的前提条件。这就是要求具折人不要声扬文件内容，同时要求领受朱批谕旨的人保守朱批的机密，不得转告他人，更不能交他人观看，只有雍正特别指令告诉某有关人员时，才令其阅读，或转传谕旨精神，若私相传述，即使是保密性较小的内容，也是不允许的。如原甘肃提督路振声将朱批中对其弟固原提督路振扬的褒语抄告其弟，路振扬又因此上折谢恩，雍正就此指出， “朕有旨，一切密谕，非奉旨通知，不许传告一人，今路振声公然将朕批谕抄录，宣示于尔，甚属不合，朕已另谕申饬。可见尔等武夫粗率，不达事体也”。雍正严格要求大小臣工保守奏折内容和朱批的机密，特别是对小臣，教导不厌其烦，并以泄密对他们不利相威胁。他考虑到小臣得此荣宠，容易擅作威福，挟制上司和同僚，造成官僚间互相猜忌，政治混乱，对专制统治不利。