为了尽快夺取土伦,法军指挥部召开高级军事会议,制订总攻计划。多数人主张沿土伦要塞外围构筑环形工事,东西对进,逐个攻占联军炮台,沿陆地夺取城区。拿破仑先一言不发,等大家叙完见解,他却出语惊人,提出了一个完全不同的计划。他认为法军如单从陆地围攻土伦,即使得手,联军也能从容由海上撤退,并在撤退前烧毁城内仓库、军械库,炸毁港口船坞、洗劫市区,携走泊于港内的31艘法国主力舰,因而是下策。他提出上策应是出敌不意,摧毁英军小直布罗陀堡,夺占克尔海角,构筑炮兵阵地,迫使英军和联军舰队从内、外停泊场撤走。一旦失去海上舰队支援,土伦守军将不战自乱;而且为了争取宽大的投降条件,他们必不敢破坏土伦市区和港口设施。拿破仑的计划条理分明,头头是道,立即为大家接受。第三任攻城部队司令官杜戈梅将军尤其备加赞赏。
杜戈梅将军是职业军人出身,已有40年军龄,久经沙场,为人公正又具有军事眼光。他看准了拿破仑有军事才能,便令他指挥突击部队攻克小直布罗陀堡,夺取克尔海角。拿破仑不负重托,乘夜把15门攻城火炮和30门发射24磅炮弹的重炮埋伏在正对小直布罗陀堡的联军阵地前,筑好掩体,静候总攻。