但是如何设立高等教育拨款咨询委员会，怎样充分发挥高等教育经费优良的管理功能，需要进一步结合具体问题，在实践中不断探索。
从高等教育拨款机制理论与实践的国际经验看，理论上讲，在一定社会的高等教育资助水平下，公共经费的划拨包括两种途径：其一是直接将经费拨付给高等学校；其二是通过学生拨付有关款项。而直接拨款又分为协商拨款、投入拨款和产出拨款三类。投入和产出拨款使用成本原则确定年度预算，协商拨款更多地以政治联系为中心。在促进高等学校资源使用效率、公平性、资源配置的透明度以及促进高等学校对劳动力市场的反应性方面，各有特点。实践中，大多数国家采用以直接拨款为主的综合拨款机制，通常会在大学和政府之间设立缓冲组织处理拨款决策，并试图以此预防政府对学校的过多干涉。这种组织由技术专家组成，对大学财政需要进行分析，向政府提出预算并将经费分配到各高校。这一机构有时也扮演着质量控制机构的角色，维持高等教育系统的水平，同时使大学免受政府干扰，让大学承担相应责任。
理论上，我国的高等教育拨款属于直接拨款，《教育法》规定“各级人民政府的教育经费支出，按照事权和财权相统一的原则，在财政预算中单独列项。各级人民政府教育财政拨款的增长应当高于财政经常性收入的增长，并使按在校学生人数平均的教育费用逐步增长，保证教师工资和学生人均公用经费逐步增长。”《高等教育法》明确提出“国家建立以财政拨款为主、其他多种渠道筹措高等教育经费为辅的体制”，政府拥有极大的经费管理权限。《教育规划纲要》提出设立高等教育拨款咨询委员会，从经费管理的角度也符合了增强高校自主权的改革思路。借鉴国外拨款机制，结合中国实情，在政府和高校之间设立一个作为缓冲型组织的拨款咨询委员会通过经费管理促进高校在竞争中追求办学的效率和质量。