我们不再叙述他的晚年了。他一生的特殊事件，远不及他生活的一般气氛那么重要。我们可以从他在西西里宫中的生活中窥见一斑。他的生活很骄奢，喜欢美丽的东西。他被描述成一个放荡不羁的人。但是，很明显的，他是一个富有好奇心、喜欢探究的人。他把犹太教、伊斯兰教和基督教哲学家召集在自己的宫廷里，他还竭力向意大利人灌输撒拉逊文化。正是通过他，阿拉伯数字和代数才被介绍给基督教学生。在他宫中有一个叫作迈克尔·斯哥特的哲学家，曾翻译了部分亚里士多德的著作和阿拉伯大哲学家阿韦芳埃斯（科尔多瓦人）的对其著作解释。1224年，弗里德里希建立那不勒斯大学，又扩大和丰富了萨勒诺大学的医学院。他还设立了一个动物园。他留下了一本关于放鹰的书，这表明他曾仔细观察过鸟类的生活习性，他还是第一个用意大利语写诗的意大利人。意大利诗事实上就是在他宫中诞生的。一位有才华的作家曾称他为“第一个近代人”，这恰当的描述了他在知识上无偏见的客观立场。
正当教皇与权力不断增强的法国国王发生冲突时，支持教皇的势力进一步下降。皇帝弗里德里希二世在位时，日耳曼已经陷入分裂，法国国王开始扮演教皇的保护者、扶持者和竞争者的角色，此前这都是由霍亨索伦家族承担的。几代教皇都实行了支持法兰西君主的政策。在教皇的支持和赞成下，法国的王侯们在西西里及那不勒斯建立了王国，法兰西国王们看到了复兴和统治查理曼帝国的可能。然而，霍亨斯陶芬王朝的最后一位皇帝——弗里德里希二世死后，日耳曼出现了权力真空，直到哈布斯堡家族的鲁道夫被选为第一位哈布斯堡王朝的皇帝（1273年），罗马的政策开始按照各位教皇的喜好，在法兰西和日耳曼之间摇摆。在东方，希腊人于1261年从拉丁皇帝手中夺回了君士坦丁堡。新的希腊王朝的创立者迈克尔·佩罗加斯，即迈克尔八世，在几次和教皇假意的暂时性的和解之后，和罗马教会完全脱离；由此，再加上亚洲拉丁王国的衰亡，教皇在东方的统治结束了。