北伐军方面则兵分三路追击孙传芳部：以何耀祖的第四十军为中央军，以柏文蔚的第三十三军为左翼军，以杨杰的第十八军为右翼军。但是，因为长江北岸的孙传芳部防线广布，加上北伐军缺乏渡江材料，所以拖到6日以后才得以渡江。但此时的孙传芳部早已没有战意，北伐军在凑足渡江材料之后便开始渡江，而孙传芳部也只是草草抵抗一番，便开始溃退。7日，北伐军占领泰州、扬州、仙女庙一带，随后又长驱直入，接连攻克高邮、宝应各城，两日之内，便大破孙传芳在长江北岸布下的防线。
就在长江流域的战事逐渐对北伐军有利的时候，北方的西北军内部却出现了问题。9月间，靳云鹗和冯玉祥反目，冯玉祥于是免去了靳云鹗第二方面军总指挥的职务，给出的理由是“违抗命令，贻误戎机，蓄谋反动，逆迹昭彰，若再曲予包容，必将贻祸党国”。冯玉祥免去靳云鹗的职务，而以靳云鹗的手下马吉第和秦德纯来替补。靳云鹗于是在7日发出电报向冯玉祥赔不是，以“我公”称呼冯氏，并表示自己“仍本初衷，不为已甚”，唐生智同时也致电冯玉祥为靳云鹗辩解。但此时冯玉祥已经决心整肃靳云鹗，于是以孙良诚部发动进攻，于11日进占郾城，靳云鹗只好退至上蔡、项城，随后率领少数卫士逃到皖北，在孙良诚的追击下被迫逃至上海。
