第二天，感受到法军新炮台威胁的英军和欧洲反法联军总司令奥哈腊将军，亲率7000名士兵强攻法军炮台。法军寡不敌众，拿破仑只得带领炮手们沿一条专为运送炮弹设计的秘密通道回撤。通道两边的高地皆为联军占领，左边是那不勒斯军队，右边是英国军队。拿破仑命令士兵先向左边那不勒斯军队猛烈射击，再向右边英军射击，待那不勒斯军队与英军对射以后，法军潜入下方被丛林覆盖的通道。行至半途，士兵透过丛林缝隙，看到右侧高坡上有一穿红制服的英国军官很神气地巡察战场。拿破仑便命令狙击手瞄准，一个点射，那军官滚下了高坡。法军士兵一拥而上，将其生擒，押至拿破仑面前。那军官主动交出佩剑，自我介绍身份，原来竟是英军和联军总司令奥哈腊将军。联军很晚才知道自己的司令官失踪。拿破仑也因撤退时无意中俘获了敌军司令官而被巴黎革命政府破格晋升为炮兵上校，多普将军则因指挥无能，土伦城久攻不克，被杜戈梅将军替代。
为了尽快夺取土伦，法军指挥部召开高级军事会议，制订总攻计划。多数人主张沿土伦要塞外围构筑环形工事，东西对进，逐个攻占联军炮台，沿陆地夺取城区。拿破仑先一言不发，等大家叙完见解，他却出语惊人，提出了一个完全不同的计划。他认为法军如单从陆地围攻土伦，即使得手，联军也能从容由海上撤退，并在撤退前烧毁城内仓库、军械库，炸毁港口船坞、洗劫市区，携走泊于港内的31艘法国主力舰，因而是下策。他提出上策应是出敌不意，摧毁英军小直布罗陀堡，夺占克尔海角，构筑炮兵阵地，迫使英军和联军舰队从内、外停泊场撤走。一旦失去海上舰队支援，土伦守军将不战自乱；而且为了争取宽大的投降条件，他们必不敢破坏土伦市区和港口设施。拿破仑的计划条理分明，头头是道，立即为大家接受。第三任攻城部队司令官杜戈梅将军尤其备加赞赏。