后来，忽必烈为了进行远征日本的准备和军事部署，特设征东行中书省，以高丽国王为丞相，高丽成为元朝的一个特殊行省。
忽必烈规定，高丽必须向元朝送纳质子，赞助军役，输送粮饷，定期向元朝朝贡等。为此，忽必烈将驿站制度推广到高丽，极大方便了交通。
忽必烈规定，高丽必须使用元朝历法，每年都向高丽颁赐国历。因为高丽为臣下之国，所以，高丽国王在接见元朝诏使或达鲁花赤时，都是东西相对而坐，也就是通常所说的“分庭抗礼”。高丽国王与元朝大臣分庭抗礼，说明高丽国王已经降到与元朝大臣相等的地位。
后来，由于忠烈王王椹成了天子忽必烈的驸马，身价倍增，接见元朝诏使和达鲁花赤时，王湛坐北向南，元朝诏使和达鲁花赤则分列东西相向而坐，虽然改变了以前高丽国王的屈辱地位，但仍然不能和元朝皇帝等同。
忽必烈时期，元朝和高丽两国地位不平等，但双方建立了十分亲密和友好的关系，双方人员往来频繁，不少高丽人到元朝学习并在元朝做官，元朝也有不少人到高丽做官。高丽使节频繁入元朝觐，尤其是尚公主的忠烈王王椹，相继十一次入元朝觐，并且引经据典地说，“朝觐，诸侯享上之仪；归宁，女子事亲之礼”,要求与公主一起入元。这些使节入元朝觐，规模都相当大。这些使节入元时都带去大批礼物，凡是高丽有特点的
