农村义务教育经费缺口集中体现在以下三个方面。一是农村义务教育阶段中小学公用经费的严重不足。公用经费是保证学校正常运转的经费，这一经费的到位和使用情况在发达和贫困的地区差异很大，发达地区生均预算内公用经费平均可达500元以上，而中西部地区还有上千个县区的生均财政预算内公用经费标准仅有几十元[4]。二是用于改善办学条件的资金缺口大。农村税费改革后，教育收费和集资均被取消，农村中小学办学条件无法得到改善，危房改造和校舍的建设等都失去了经费来源。2004年全国小学的校舍危房比例为5.6%，初中3.7%；农村小学的危房比例为7.2%，初中5.1%[5]。三是“普九”债务缺乏偿还的资金来源。农村税费改革中取消了一系列的收费项目，造成了为了达到“普九”目标而欠下的巨额债务失去了偿还的资金来源，农村“普九”债务几乎沦为一摊死债。黑龙江省“普九”期间债务达到24.6亿元，从“普九”完成至2007年完全化解债务，这一时期内还增加了20多亿元债务，总体达到将近50亿元[6]。
第二，财权和事权不对称，地方政府负担过重。农村税费改革以来，全国地方财政自给率都比较低，2001—2004年依次为41.28%、55.72%、57.17%及57.75%[7]。据财政部统计，2002年在中国2800多个县政府中，有财政赤字问题县的比例高达73%。全国县辖乡、村的债务总规模高达5355亿元，相当于平均每个县欠债2.55亿元之多[8]。掌握主要财力的中央和省级政府并没有承担主要的教育责任，而承担了大部分责任的县级政府却在财政上捉襟见肘。特别是在取消农村教育费附加和教育集资以后，县级政府和财政更是面临着无法承担的重负。这种财权和事权的不对称、权力和责任的不统一，是造成我国农村义务教育发展迟缓的重要原因。